GxYAT um comando para gerar Figuras com alta resolução

A pedido de Luana Pampuch segue um exemplo para salvar no GrADS figuras em .pdf ou .eps e etc.

No OpenGrADS existe um comando chamado GxYAT que você pode criar figuras em PDF, PNG, Postscript e SVG.

Para quem escreve textos em Latex (meu caso) é excelente pois as figuras ficam com excelente resolução e durante a impressão as figuras não perdem qualidade.

Portanto, para quem esta escrevendo TCC, Dissertação ou Tese fica a dica, aprendam Latex salvem suas figuras em PDF e se livrem de serem cobrados pela má qualidade das figuras durante as defesas :).

como usar no GrADS:

'enable print nome_da_figura.gmf'
.
.
.
'print'
'disable print'


'quit'

No Terminal Linux digite:

> gxyat -o nome_da_figura.pdf nome_da_figura.gmf
É isso!!

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos

Script GrADS Barra em formato de Diamante

Olha o GrADS surpreendendo novamente. Recentemente encontrei um script que plota uma barra de cores em formato de diamante e irei compartilhar com vocês. Acredito que fazer figuras para apresentações com este tipo de barra pode ser interessante, vamos lá:

Para usar as opções são as seguintes:

'run diamondbar.gs -r -marg 0.1 -font 0.09 -fs 2'

Este comando serve para plotar a figura acima seguindo o exemplo disponibilizado abaixo.

Opções:

-help                = Ajuda;
-loc                  = Escolhe um local para a colorbar (r=direita-vertical, l=esquerda-vertical,
                           b=base-horizontal, t=topo-horizontal),
                           você também pode chamar o comando através de (-l, -r, -b, -t);
-size/s              = Escolha o tamanho dos diamantes;
-marg              = Escolha a margem para o eixo;
-fs/int              = Escolha o intervalo para cada número plotado ao longo da colorbar;
-font/fontsize   = Escolha o tamanho da fonte dos números;
-scol                 = Escolha a cor dos números;
-line                 = Desenha o contorno de cada diamante caso deseje.

Scripts utilizados:

barradiamante.gs
Exemplo.gs

Simples assim, espero que funcione.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!

Instalação PyFerret com Python 2.6

Mais uma contribuição do Paulo Henrique e Marcelo Rodrigues, encaminhada pelo Dr. Antonio Carlos Santana dos Santos - Prof. Adjunto Vice-Coordenador do Curso de Física da Universidade Estadual do Ceará.

Um Tutorial da instalação do PyFerret para Debian 7 com o Python 2.6.

PS. Segundo os autores esta instalação funcionará para qualquer distribuição Linux desde que tenha o Python 2.6 instalado.

Clique aqui.

Mai uma vez obrigado ao Paulo Henrique e Marcelo Rodrigues pelo desenvolvimento e ao Dr. Antonio Carlos Santana dos Santos pela divulgação e contribuição.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!

Script Download Dados ECMWF/ERA-Interin - Parte 1

Quando eu atualizei o link do "novo" servidor de download de dados da Reanalise do Era-Interim o Helber comentou de um script que possibilitava o download. Segue como fazer:

PS. Para entender os parâmetros e como modificá-los não esqueça de lê o segundo artigo (Script Download Dados ECMWF/ERA-Interim - Parte 2), link no final deste post.

O ECMWF está disponibilizando uma API (Aplication Programming Interface) nas linguagens (Python, Perl e Java) para acesso/download dos seus dados via script/terminal. É uma ferramenta extremamente útil para quem esta familiarizado com este tipo de sistema e não quer baixar os dados via site. Eu recomendo!

Eu irei tentar ensinar como usar a API desenvolvida em Python, escolha a linguagem que você melhor trabalha. Todas estas informações estão disponíveis no site da API no ECMWF.

Para instalar a biblioteca (ecmwfapi) você precisará primeiro instalar o programa pip.

O programa pip é uma excelente alternativa para instalar bibliotecas desenvolvidas em python de maneira fácil, através do terminal. Para instalar o pip no Ubuntu execute no terminal os seguintes comandos:

> sudo apt-get install python-pip python-dev build-essential 
> sudo pip install --upgrade pip 

Agora com o pip instalado execute no terminal: (tudo junto separado por espaço)

> sudo pip install https://software.ecmwf.int/wiki/download/attachments/23694554/ecmwf-api-client-python.tgz

Este comando irá instalar a biblioteca, você pode verificar ela instalada no diretório:

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/

Feito isso, agora você irá precisar criar a sua chave de acesso. Quando precisávamos baixar os dados da reanálise do ECMWF assim que escolhíamos os dados o site solicitava os dados pessoais (Nome a Instituição e o email), agora com essa API você gera uma chave, insere no script, e não precisará fazer esta autorização sempre que for baixar, agora ela feita automaticamente via API.

Para criar a chave você precisa se cadastrar no site:

http://apps.ecmwf.int/registration/

Um email de conformação será enviado com seu login e senha, confirme clicando no link. Ao fazer login na pagina abaixo será disponibilizado sua chave de acesso:

https://apps.ecmwf.int/auth/login/

Agora que sua chave já esta disponível é preciso criar um arquivo com o nome (.ecmwfapirc) no seu /home/usuario para o acesso ser automático, Obs: o nome do arquivo é .ecmwfapirc com (.) para ficar oculto e sem extensão.

Neste arquivo você irá inserir:

{
    "url"   : "https://api.ecmwf.int/v1",
    "key"   : "XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX",
    "email" : "john.smith@example.com"
}

,onde vocé irá substituir XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX pela sua chave e john.smith@example.com pelo email que você utilizou para efetuar o cadastro.

Feito isso você já pode baixar os dados. O ecmwf disponibiliza um script exemplo para teste. Portanto, crie um script em PYTHON e dentro dele insira as linhas: eu chamei o meu script de exemplo.py


#!/usr/bin/env python
from ecmwfapi import ECMWFDataServer

server = ECMWFDataServer()

server.retrieve({
    'dataset' : "tigge",
    'step'    : "24/to/120/by/24",
    'number'  : "all",
    'levtype' : "sl",
    'date'    : "20071001/to/20071003",
    'time'    : "00/12",
    'origin'  : "all",
    'type'    : "pf",
    'param'   : "tp",
    'area'    : "70/-130/30/-60",
    'grid'    : "2/2",
    'target'  : "data.grib"
    })

Salve e dê permissão de execução:

> chmod +x exemplo.py 

Ao executar este script:

>./exemplo.py

Aparecerá uma série de informações no terminal sobre o sistema, dado e o andamento do Download.

Script Download Dados ECMWF/ERA-Interim - Parte 2

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos.

Script Download Dados ECMWF/ERA-Interin - Parte 2

Agora que já sabemos como instalar a API do ECMWF e já fizemos o teste do download vamos explicar o que cada parâmetro do script (exemplo.py) significa e principalmente se eu precisar baixar um dado onde devo modificar, o que modificar?

No script (exemplo.py) do post anterior:

#!/usr/bin/env python
from ecmwfapi import ECMWFDataServer

server = ECMWFDataServer()

server.retrieve({
    'dataset' : "tigge",
    'step'    : "24/to/120/by/24",
    'number'  : "all",
    'levtype' : "sl",
    'date'    : "20071001/to/20071003",
    'time'    : "00/12",
    'origin'  : "all",
    'type'    : "pf",
    'param'   : "tp",
    'area'    : "70/-130/30/-60",
    'grid'    : "2/2",
    'target'  : "data.grib"
    })

dataset = servidor de dado. O ERA-interim se chama interim (independente se for superfície ou níveis de pressão);

step = time step. Neste exemplo tigge são dados de modelo;

number = número de arquivos;

levtype = nível: sl = surface level e pl = pressure level;
date = intevalo dos dados que você irá baixar;

time = pode ser 00, 06, 12, 18 horas;

origin = este parâmetro se refere ao tigge (qual modelo você irá baixar);

type = dado: an = análise e pf = previsão;

param = variável;

area = para os dados do tigge você pode escolher a área para os dados do ERA-Interim você baixa para o globo todo;

grid = espaçamento de grade;

target = nome do arquivo que será salvo. (Sempre com a extensão .grib o sistema ainda não possibilita baixar em outra extensão, mas esta em fase de construção baixar em Netcdf por exemplo);

Quando eu cheguei neste ponto eu decidi testar este script para baixar os dados de vento zonal para um determinado período e não consegui encontrar o nome exato para o param(variável) foi ai que encontrei esta informação diretamente no site do ECMWF.

Quando você for no site para download do ERA-Interim (aqui) escolha o período, nível (se for o caso), variável e etc exatamente como fazia anteriormente. No entanto, quando você for clicar para fazer o download (Retrieve Grib ou Retrieve Netcdf) você deverá clicar em Views the MARS request e as informações dos seus dados necessárias para você modificar o seu script aparecerão ai é só modificar e sair para o abraço.

Eu fiz um teste para os seguintes dados:

Eu primeiro escolhi no site Pressure Level;

Escolhi janeiro e fevereiro de 2013;

No Select time escolhi (00:00:00, 06:00:00, 12:00:00, 18:00:00)

No Select Level e parameter escolhi U component of wind e level 850

Depois cliquei em Views the MARS request e apareceu o seguinte:

request (desconsidere)

Estimated number of fields: 472 (desconsidere)

retrieve, (desconsidere)

levelist=850,

stream=oper,

levtype=pl,

param=131.128,

dataset=interim,

step=0,

grid=0.75/0.75,

time=00/06/12/18,

date=2013-01-01/to/2013-02-28,

type=an,

class=ei

E o meu script atualizado ficou assim:

#!/usr/bin/env python
from ecmwfapi import ECMWFDataServer

server = ECMWFDataServer()

server.retrieve({
    'dataset' : "interim", (modificado)
    'step'    : "0", (modificado)
    'levelist' : "850", (inserido)

    'stream' : "oper", (inserido)

    'number'  : "all", (removi)

    'levtype' : "pl", (modificado)
    'date'    : "2013-01-01/to/2013-02-28", (modificado)
    'time'    : "00/06/12/18", (modificado)
    'origin'  : "all", (removi)
    'type'    : "an", (modificado)
    'class'    : "ei", (inserido)
    'param'   : "131.128", (modificado)
    'area'    : "70/-130/30/-60", (removi)
    'grid'    : "0.75/0.75", (modificado)
    'target'  : "uwnd.01012013.01022013.grib" (modificado)
    })

No levelist você pode inserir os níveis que precisar. Espero que tenham entendido e principalmente que funcione.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos.

Instalando o Climate Data Operator (CDO) com NetCDF, GRIB2 e HDF5

Para instalar o Climate Data Operator (CDO) com suporte para NetCDF, GRIB2 e HDF5. Você pode seguir os seguintes passos:

PS_1. Copie o comando existente dentro das caixas e cole em seu terminal. Isto evita problema de configurações de fonte.
PS_2. Os links de downloads (wget) podem estar desatualizados.
PS_3. Para aqueles que desejam instalar o CDO somente com suporte para Netcdf é necessário instalar a ZLIB, HDF5 e o Netcdf.

Baixe o CDO no site https://code.zmaw.de/projects/cdo/files

Para baixar no Linux use:
PS_4. Você pode baixar a última versão do CDO

wget -c http://ftp.nsysu.edu.tw/FreeBSD/ports/local-distfiles/sunpoet/cdo-1.5.9.tar.gz

Baixe o NetCDF no site http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp

ou,

wget -c http://pkgs.fedoraproject.org/repo/pkgs/netcdf/netcdf-4.2.1.1.tar.gz/5eebcf19e6ac78a61c73464713cbfafc/netcdf-4.2.1.1.tar.gz

Baixe o Grib API no site https://software.ecmwf.int/wiki/display/GRIB/Releases

ou,

wget -c https://software.ecmwf.int/wiki/download/attachments/3473437/grib_api-1.9.18.tar.gz

Baixe o Jasper no site http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/#download

ou,

wget -c http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/software/jasper-1.900.1.zip

Baixe o HDF5 e zlib no site ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4

Agora iremos começar a instalação.

Primeiro passo:

Em que diretório irá fazer a instalação do CDO? Sugestão /usr/local/cdo (crie a pasta que deseja instalar)

Segundo Passo:

Descompacte os arquivos baixados. Cada arquivo irá gerar uma pasta.

Ex: /home/usuario/Download/netcdf-4

Terceiro Passo: Começo da instalação.

ZLIB

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

(/usr/local/cdo esta é a sugestão modifique a seu critério) ./configure -prefix=/usr/local/cdo 
make
make check
make install

HDF5

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -with-zlib=/usr/local/cdo -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

NetCDF

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

CPPFLAGS=-I/usr/local/cdo/include LDFLAGS=-L/usr/local/cdo/lib ./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

Jasper

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo  CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

Grib

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC  -with-netcdf=/usr/local/cdo -with-jasper=/usr/local/cdo
make
make check
make install

Instalando o CDO

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC  -with-netcdf=/usr/local/cdo -with-jasper=/usr/local/cdo -with-hdf5=/usr/local/cdo  -with-grib_api=/usr/local/cdo
make
make check
make install

Desta forma você conseguirá instalar o CDO com suporte para netcdf, HDF5 e Grib.

PS_5. Instalando desta forma os binários de todas as bibliotecas estarão dentro do diretório /usr/local/cdo/bin e se você quiser pode adicionar este PATH no seu .bashrc. Você pode compilar as bibliotecas em pastas separadas a única alteração é indicar os diretórios corretos no momento de compilar o CDO.

PS_6. Excelente apostila para uso do CDO em Português você encontra no site do Guilherme Martins é só clicar aqui e baixar.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!

Salvando arquivo texto no GrADS

A pedidos de Camila Carpenedo, segue uma dica de como salvar uma ou mais variável em um arquivo texto (.txt, ascii e etc) no GrADS.

A solução para isso é utilizar o comando 'set gxout print' e 'set prnopts ' format ' ' numl ' ' numb ' ' u ' '. No entanto, para que não tenhamos grandes dificuldades irei disponibilizar para vocês o script/função desenvolvida no OpenGrADS Cookbooks. 

A função é a seguinte:

function fprintf(args)

* Command line argumets

* ---------------------

  expr = subwrd(args,1)

  file = subwrd(args,2)

  format = subwrd(args,3)

  numl = subwrd(args,4)

  numb = subwrd(args,5)

  u = subwrd(args,6)

  if ( file='' )

    say ''

    say 'NAME'

    say '     fprintf - print GrADS variables to a text file'

    say ''

    say 'SYNOPSIS'

    say '     fprintf  expr  txtFile  [format numl numb [u]]'

    say ''

    say 'DESCRIPTION'

    say '     Evaluates the contents of the GrADS expression *expr* writing'

    say '     its values to a formatted text file *txtFile*. On output, the'

    say '     number of values and the undef values are returned; a negative'

    say '     number of values signals an error condition.'

    say ''

    say '     Unlike the output of *set gxout print*, the resulting ASCII'

    say '     file has only the data values and *no header*.'

    say ''

    say 'OPTIONS'

    say '     The optional parameters are the same as the ones required by'

    say '     the GrADS command *set prnopts*, namely'

    say '     format   a C language template for formatting ASCII output.'

    say '              Default is %g.'

    say '     numl     number of values to print per record. Default is 8.'

    say '     numb     number of blanks to insert between values. Default is 1.'

    say '     u        print "Undef" instead of the numerical value for'

    say '              missing data.'

    say 'BUGS'

    say '     The GrADS expression cannot have spaces in it.'

    say ''    

    say 'COPYRIGHT'

    say '     This script has been placed in the public domain'

    say ''

    return

  endif

* Set the display environment and produce buffered ASCII output

* -------------------------------------------------------------

  'set gxout print'

  if ( format != '' )

    'set prnopts ' format ' ' numl ' ' numb ' ' u ' '

  endif

  'display ' expr

   if ( rc!=0 ); return -1; endif

*  Get rid of header line: Printing Grid -- 3358 Values -- Undef = 1e+20

*  but record number of values and undef values for later reference

*  ---------------------------------------------------------------------

   buffer = result

   i = 1; line = sublin(buffer,i)

   n = subwrd(line,4)

   undef = subwrd(line,9)

* Now write the data values to text file: first line...

* -----------------------------------------------------

  i = 2; line = sublin(buffer,i)

  if ( write_(file,line) > 0 ); return -2; endif

* Append subsequent lines

* -----------------------

  i = i + 1; line = sublin(buffer,i)

  while ( line != '' )

    if ( write_(file,line,append) != 0 ); return -3; endif 

    i = i + 1; line = sublin(buffer,i)

  endwhile

  if ( close(file) != 0 ); return -4; endif

* All done

* --------

  say 'wrote ' n ' values to file "' file '"'

  return n ' ' undef ' ' 

function write_(file,line)

   rc = write(file,line)

   return subwrd(rc,1)

Para utilizar a função é simples:

Você deve criar um arquivo .gs contendo a função descrita acima chamada de fprintf.gs. Você pode salvar a função no diretório script do GrADS e desta forma você poderá "chamar" a função da mesma forma que você chamas as funções de barra (cbar, cbarn e etc) somente pelo nome.

Após criar a variável que pode ser uma média, anomalia, serie temporal e etc, basta executar o seguinte comando:

ga -> fprintf variável arquivo.txt

No Cookbooks existe umas outras funcionalidade interessantes que vocês podem aproveitar.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!