Alterando os níveis verticais com CDO

Sugestão do Guilherme Martins!

O CDO sempre me surpreendendo!!!!

Alterando os níveis verticais com CDO.

Os níveis verticais dos modelos do CMIP5 estão em "Pa", e normalmente utilizamos em "hPa". Vamos usar o operador "setzaxis" para realizar essa alteração.

Carreguei neste tópico o arquivo "exemplo.nc" para vocês fazerem o teste.

Informações vista com "ncdump -h exemplo.nc"

double plev(plev) ;
plev:bounds = "plev_bnds" ;
plev:units = "Pa" ; <===== unidade do nível vertical
plev:axis = "Z" ;
plev:positive = "down" ;
plev:long_name = "pressure" ;
plev:standard_name = "air_pressure" ;

Informações vista com "ncdump arquivo.nc | more"

plev = 100000, 85000, 70000, 50000, 25000, 10000, 5000, 1000 ; => "Pa"

Segue a dica:

Crie um arquivo texto, e adicione as 6 linhas abaixo:

zaxistype = pressure
size = 8
name = lev
longname = pressure
units = hPa
levels = 1000 850 700 500 250 100 50 10

Salve com um nome qualquer, por exemplo, "nivel". Esse arquivo será lido pelo operador "setzaxis":

Utilize o comando abaixo:

cdo setzaxis,nivel exemplo.nc saida.nc

Esse comando altera a estrutura do seu arquivo netCDF com as novas informações em "hPa".

Para visualizar as novas alterações:

ncdump -h saida.nc

Arquivo: exemplo.nc

PS: caso o arquivo tenha dados UNDEF (que é caso), utilize o operador fillmiss ==> cdo -fillmiss -setzaxis,nivel exemplo.nc saida.nc

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!

cdo merge levels

Olá a Todos,

Recentemente estive tentando usar o comando merge do cdo para criar um arquivo com vários níveis. O problema era o seguinte:

Eu possuo 10 arquivos de vento em formato binário sendo cada arquivo contendo 100 tempos e um nível.

A primeira coisa que eu fiz foi criar arquivos netcdf a partir dos arquivos descritores .ctl através do comando cdo import_binary -f nc *.ctl. No entanto desta forma o cdo não definia o nível referente ao arquivo e sempre atribuía nível 0 (zero). Com os arquivos criados com a descrição de nível 0 (zero) ao juntar (merge) os 10 arquivos o resultado era sempre um arquivo com somente um nível.

Eu não consegui resolver este problema de maneira mais simples o que fiz foi o seguinte:

Utilizei o comando sdfwrite do GrADS para gerar os arquivos netcdf que precisava.

Ex:

set x 1 144
set y 1 73
set t 1 100
set z 1
define uwnd = uwnd
set sdfwrite -4d arquivo1.nc
sdfwrite uwnd
quit

OBS1: É necessário inserir a função -4d do comando sdfwrite, desta forma você força que o arquivo de saída tenha 4 dimensões (lat, lon, tempo, nível)

OBS2: O nível no arquivo ctl precisa ser definido de maneira correta, por exemplo:

          zdef 1 linear 200 1

          Qualquer definição diferente disso deu errado.

Agora que possuía os 10 arquivos .nc utilizei o merge para gerar meu arquivo com os 10 níveis e 100 tempos:

cdo merge arquivo1.nc arquivo2.nc ... arquivo10.nc saida.nc

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!

Instalando o Climate Data Operator (CDO) com NetCDF, GRIB2 e HDF5

Para instalar o Climate Data Operator (CDO) com suporte para NetCDF, GRIB2 e HDF5. Você pode seguir os seguintes passos:

PS_1. Copie o comando existente dentro das caixas e cole em seu terminal. Isto evita problema de configurações de fonte.
PS_2. Os links de downloads (wget) podem estar desatualizados.
PS_3. Para aqueles que desejam instalar o CDO somente com suporte para Netcdf é necessário instalar a ZLIB, HDF5 e o Netcdf.

Baixe o CDO no site https://code.zmaw.de/projects/cdo/files

Para baixar no Linux use:
PS_4. Você pode baixar a última versão do CDO

wget -c http://ftp.nsysu.edu.tw/FreeBSD/ports/local-distfiles/sunpoet/cdo-1.5.9.tar.gz

Baixe o NetCDF no site http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp

ou,

wget -c http://pkgs.fedoraproject.org/repo/pkgs/netcdf/netcdf-4.2.1.1.tar.gz/5eebcf19e6ac78a61c73464713cbfafc/netcdf-4.2.1.1.tar.gz

Baixe o Grib API no site https://software.ecmwf.int/wiki/display/GRIB/Releases

ou,

wget -c https://software.ecmwf.int/wiki/download/attachments/3473437/grib_api-1.9.18.tar.gz

Baixe o Jasper no site http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/#download

ou,

wget -c http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/software/jasper-1.900.1.zip

Baixe o HDF5 e zlib no site ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4

Agora iremos começar a instalação.

Primeiro passo:

Em que diretório irá fazer a instalação do CDO? Sugestão /usr/local/cdo (crie a pasta que deseja instalar)

Segundo Passo:

Descompacte os arquivos baixados. Cada arquivo irá gerar uma pasta.

Ex: /home/usuario/Download/netcdf-4

Terceiro Passo: Começo da instalação.

ZLIB

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

(/usr/local/cdo esta é a sugestão modifique a seu critério) ./configure -prefix=/usr/local/cdo 
make
make check
make install

HDF5

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -with-zlib=/usr/local/cdo -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

NetCDF

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

CPPFLAGS=-I/usr/local/cdo/include LDFLAGS=-L/usr/local/cdo/lib ./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

Jasper

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo  CFLAGS=-fPIC
make
make check
make install

Grib

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC  -with-netcdf=/usr/local/cdo -with-jasper=/usr/local/cdo
make
make check
make install

Instalando o CDO

Dentro da pasta da biblioteca execute o comando:

./configure -prefix=/usr/local/cdo CFLAGS=-fPIC  -with-netcdf=/usr/local/cdo -with-jasper=/usr/local/cdo -with-hdf5=/usr/local/cdo  -with-grib_api=/usr/local/cdo
make
make check
make install

Desta forma você conseguirá instalar o CDO com suporte para netcdf, HDF5 e Grib.

PS_5. Instalando desta forma os binários de todas as bibliotecas estarão dentro do diretório /usr/local/cdo/bin e se você quiser pode adicionar este PATH no seu .bashrc. Você pode compilar as bibliotecas em pastas separadas a única alteração é indicar os diretórios corretos no momento de compilar o CDO.

PS_6. Excelente apostila para uso do CDO em Português você encontra no site do Guilherme Martins é só clicar aqui e baixar.

Boa Sorte e Bom Trabalho a Todos!!